Ola, meu nome é Paulo, sou engenheiro desenvolvedor com experiencia em projetos que utilizam bluetooth. Já trabalhei em um projeto muito semelhante ao proposto porem nós utilizamos o bluetooth para acionar a fechadura de uma porta em uma empresa de São Paulo. Para o que foi proposto, tenho uma solução bastante simples e interessante. Com apenas um dongle USB, é possivel comunicar com um computador via serial criando uma ponte entre um device USB e a maquina onde estará a base de dados. Basicamente é preciso desenvolver uma aplicação desktop, que pode ser escrita em C++, onde está ficará monitorando o range de cobertura do dongle. Quando um aluno se aproximar, esta aplicação identifica um novo MAC Address no range de leitura e faz a verificação em um banco de dados. Caso a verificação seja concluida com sucesso, é alterado o status de presença do aluno. Um ponto critico nesse projeto é a compatibilidade do bluetooth com os fabricantes de celular. Existe incompatibilidade mas é possivel criar uma aplicação compativel com todos fabricantes.
Caso tenha interesse, posso montar um projeto com as etapas bem descritas e desenvolvidas.
Qualquer duvida, fico a sua disposição.