Boa noite,
Meu nome é Thiago, sou formado em Ciência da Computação e tenho experiencia tanto em Apache, quanto em MySql. Existem documentos oficias de ambas as plataformas para aumentar o desempenho delas.
Apache: Check list que valida tanto a aplicação quanto o sistema operacional.
MySQL: Check list que valida relações entre tabelas, índices, filtros de consultas, número de tabelas por consultas, existência de sub-consultas etc.
Para realizar melhorias no apache não é necessário muita informação sobre a aplicação.
Porém, para o MySql é necessário saber quais páginas são mais acessadas, quais buscas são mais feitas etc.
Com essas e outras informações que podemos discutir adiante, com certeza a sua aplicação terá aumento de desempenho.